RNA 提取的那些事儿

2020-10-23 1401

一场席卷全球的新冠肺炎疫情让更多的人知道了核酸检测。而为了对相关人群进行新冠核酸检测,就需要进行样本采集和新冠病毒RNA的提取。

今天我们就来聊一聊RNA提取的那些事儿。


RNA提取

在一些临床的病原微生物检测、基因的定量表达研究、RNA测序以及转录组分析等研究中,往往需要获得高纯度、高质量的RNA。这就涉及到RNA的提取和纯化。


RNA存在于各种生物体、组织和细胞中。常见的样品来源多种多样,比如:血液、植物组织、动物组织、细胞培养液、血浆或血清、脑脊液、尿液、咽拭子保存液、酵母、细菌等。不同的应用需要提取的RNA种类也各不相同。常见的RNA种类有:总RNA、mRNA、microRNA和小RNA、病毒RNA等


RNA的提取有多种方法。常见的方法有Trizol法、磁珠法和硅膜法。总体上都是利用高浓度的蛋白变性剂迅速破坏细胞结构、抑制RNA酶活性,最大程度地保持RNA的结构完整性,然后在合适条件下,利用各种载体吸附或者沉淀RNA,通过一定的洗涤液除去蛋白质和盐离子,经洗脱液得到纯化的RNA。


核酸提取的本质就是最大量的获得核酸、最大限度去除杂质。对RNA来说也不例外。

那么,如何选择一套值得信赖的RNA提取试剂盒?


RNA回收率

它可以评价一套提取试剂对RNA的捕获能力。简单来理解,就是提取的RNA与溶液中原始RNA的百分比。回收率可以通过建立模型体系,加入固定拷贝数的RNA,提取之后通过测定浓度或者荧光定量计算回收率。尤其是对于微量的样本,RNA回收率显得至关重要,甚至会直接影响结果判断。


RNA纯度

它可以评价RNA提取试剂去除杂质的能力。此处的RNA纯度不应该狭义地理解为紫外测定的A260/A280。而应该结合具体的应用来判定,高纯度的RNA应当对下游的检测无抑制和其他不良影响。比如,用于荧光定量扩增时,应当结合实际检测效果来评价,比如扩增曲线现状是否存在异常,Ct值是否存在滞后等。


特别需要注意的是,RNA的纯度与回收率之间存在着矛盾关系,任何一方的提升都可能会影响另一方,需要结合具体的样本和应用来选择最佳的平衡。比如,对于极微量的样本,回收率则更重要,在不影响检测的情况下,可以降低对纯度的追求。而对于常规的样本,尤其是在一些对纯度较高的检测方法中(如RNA测序),则需要对纯度要求更高,而适当降低对回收率的追求。



RNA完整性

因为RNA酶广泛存在于环境和操作人员的皮肤、汗液等,极易造成RNA的降解,甚至会降低RNA的回收率,也能影响RNA的完整性。这就需要RNA提取试剂不含RNA酶或者能够有效抑制RNA酶活性。RNA完整性可以用扩增不同片段长度的引物来检测评估


此外,对不同长度RNA的回收效率,对不同样本类型的兼容性、不同样本浓度的回收率以及稳定性都是评价一款提取试剂盒的重要因素。




说了这么多,相信大家一定很想要一款适合的RNA提取试剂盒吧!

下面我就为大家墙裂推荐新海病毒RNA提取试剂盒。



新海病毒RNA提取试剂盒

(硅膜法/磁珠法)


新海病毒RNA提取试剂盒分为磁珠法和硅膜法,可完美适配新海病毒采样管,实现了高回收效率高灵敏度,有效扩增。


1.高回收率:等同QIAGEN试剂盒,回收率高于80%,多次重复试验回收率保持一致。

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对比QIAamp Viral RNA Mini Kit(货号:52906)


2.高灵敏度:QIAGEN试剂盒仅支持140μL加样,新海试剂盒可支持800μL加样,灵敏度提升5倍

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新冠200拷贝/ml扩增效果对比图


3.有效扩增:数据重复性好,对不同长度的RNA均能稳定高效提取,有助下游的高效扩增。

新图-03.png

新冠E基因200拷贝/ml(228nt)扩增曲线


最后,特别值得指出的一点,由于RNA酶在环境中随处可见,并能在各种pH、离子强度下对RNA产生降解,所以需要在RNA提取过程中严格控制操作流程,佩戴一次性口罩,手套等,做好防护,使用RNase-free的耗材。